19 декабря 1806 года легендарный адмирал подал императору прошение об отставке: «Душевные чувства и скорбь моя, истощившие крепость сил, здоровья, Богу известны — да будет воля Его святая. Все случившееся со мною приемлю с глубочайшим благоговением». Эти слова, венчающие ратный подвиг, славное и многотрудное служение родному Отечеству, свидетельствуют, что непобедимый воин был исполнен смирения и покорности воле Божией — это были чувства истинно христианские.
Отойдя от служебных дел, некоторое время он жил в Санкт-Петербурге, а в 1810 году переехал в деревню Алексеевка Темниковского уезда, вблизи Санаксарского Рождество-Богородичного монастыря. По свидетельству тогдашнего настоятеля монастыря иеромонаха Нафанаила, «адмирал Ушаков, сосед и знаменитый благотворитель Санаксарской обители… вел жизнь уединенную… по воскресным и праздничным дням приезжал для богомолья в монастырь к службам… В Великий пост живал в монастыре, в келлии… по целой седмице и всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал… По временам жертвовал… обители значительные благотворения; также бедным и нищим творил всегдашние милостивые подаяния и вспоможения».
Началась Отечественная война 1812 года. На борьбу с французами поднялся весь народ — в Тамбовской губернии, как и везде, формировалось ополчение, начальником которого избрали Федора Федоровича Ушакова. Поблагодарив за оказанное доверие, адмирал отказался от этой чести по слабости здоровья.
Вместе с тем на свои средства он устроил госпиталь для раненых, внес две тысячи рублей на формирование 1-го Тамбовского пехотного полка. Все, что имел, отдавал он «на вспомоществование ближним, страждущим от разорения злобствующего врага».В то же время в Северной Италии русские под предводительством славного Александра Суворова громили «непобедимую» армию французов. Суворов просил адмирала Ушакова оказывать ему всемерную поддержку с юга. И два великих сына России, находясь в теснейшем взаимодействии, били французских республиканцев на суше и на море. Русские моряки и десантники взяли город Бари, где отслужили благодарственный молебен у мощей святителя Николая Чудотворца, затем Неаполь и 30 сентября 1799 года вошли в Рим.
Неаполитанский министр Мишуру восторженно писал адмиралу Ушакову: «За 20 дней небольшой русский отряд возвратил моему государству две трети королевства. Конечно, не было другого примера подобного события: одни лишь русские войска могли совершить такое чудо. Какая храбрость! Какая дисциплина! Какие кроткие, любезные нравы! Здесь боготворят их, и память о русских останется в нашем отечестве на вечные времена».
На очереди была Мальта, но на исходе 1799 года адмирал Федор Ушаков получил приказ императора Павла I о возвращении вверенной ему эскадры в Севастополь.
Жители Республики Семи Соединенных Островов прощались с адмиралом Ушаковым и его моряками, не скрывая слез. Сенат острова Корфу назвал его «освободителем и отцом своим». На золотом, осыпанном алмазами мече, поднесенном ему на прощанье, было написано: «Остров Корфу — адмиралу Ушакову». Столь же памятные и дорогие награды были и от других островов.
26 октября 1800 года эскадра адмирала Феодора Ушакова вошла в Севастопольскую бухту.